V oborech literárních vychází především z výzkumného záměru MSM Dějiny novější české literatury v nadnárodních kontextech, který navazuje na předcházející úspěšně řešený výzkumný záměr Nadnárodní kontexty národní kultury. Základním smyslem aktuálního výzkumu je vytvoření nové koncepce dějin novější české literatury. K tomuto záměru se přimykají další vědecké aktivity podporované granty GA ČR. Výzkum je uskutečňován v úzké spolupráci s Ústavem české literatury a literární vědy FF UK Praha.
Výzkumné aktivity se soustřeďují na českou literaturu 19. a 20. století, která je zkoumána především z hlediska proměn dobových diskursů a paradigmat. Aktuálně probíhá analýza období romantismu v českých literárních dějinách a období české předválečné moderny 20. století. Další odborný zájem směřuje do oblasti literární teorie, především do výzkumu metodologických konceptů literární historie.
V lingvistických oborech se vědecká činnost soustředí na výzkum sémantických a pragmatických rysů komunikace, souvislostí mezi jazykem, stylem a komunikací. Nově se rozvíjejícím vědeckým konceptem, který navazuje na úspěšné aktivity z první poloviny 90. let, je zkoumání textů barokních kazatelů z lingvistického hlediska.
Ústav bohemistiky navázal řadu významných zahraničních vědeckých kontaktů. Smluvně zakotvené jsou vztahy s univerzitami La Sapienza Řím, Jagellonská univerzita Krakov, Univerzita Michele de Montaigne Bordeaux, Friedrich Schiller Universität Jena a Technische Universität Dresden. Pravidelná spolupráce je dále uskutečňována s příslušnými pracovišti NYU New York, Universität Wien, Universität Potsdam, Ludwig Maxmilian Universität München, Wilhelm Humboldt Univeristät Berlin a Universität Regensburg. Tyto aktivity představují jak výměnu studentů a pedagogů v rámci programu Erasmus – Sokrates, tak přímé badatelské kontakty a spolupráci na konkrétních projektech a při uskutečňování mezinárodních konferencí.
Publikační činnost členů Ústavu bohemistiky představuje řadu samostatných monografií i příspěvků v recenzovaných zahraničních i domácích odborných periodikách. Členové Ústavu bohemistiky jsou editory řady sborníků, např. Reflexe baroka v české literatuře 20. stoletní, Neznámý člověk Milada Součková, Nadnárodní kontexty národní kultury, Česká próza 90. let 20. století, Mezi texty a modernami a Biedermeier v české literatuře. Dále jsou spolueditory sborníků, které vyšly jako trojčíslo časopisu AV ČR Estetika: Kultura českých enkláv ve světě, Střety národních a univerzálních modelů v české kultuře 1800 – 1918. Tyto texty jsou výsledkem souboru mezinárodních konferencí konaných v Českých Budějovicích od roku 1996.
