Ústav germanistiky se profiluje jakožto pracoviště orientované ve své pedagogické i vědecké činnosti na areál, který představuje Česká republika a německy mluvící země.

Ústav má dva akreditované bakalářské neučitelské studijní programy: jednooborový interdisciplinární studijní program Česko-německá areálová studia a germanistický volně kombinovatelný studijní program Německý jazyk a literatura.

Pro absolventy těchto bakalářských studijních programů a programů příbuzných je určen neučitelský volně kombinovatelný navazující magisterský studijní program Česko-německá areálová studia. Program svým obsahem reaguje na založení Evropského regionu Dunaj – Vltava, studenti jsou již během svého studia cíleně připravováni na profesní působení v tomto areálu.

Od akademického roku 2020-2021 nabízí ústav také bakalářský a navazující magisterský studijní program Učitelství pro střední školy – Německý jazyk a literatura. Tento program lze studovat pouze v kombinaci s dalším učitelským studijním programem

Absolventům středních škol je dále nabízen neučitelský volně kombinovatelný navazující magisterský studijní program Německý jazyk a literatura a neučitelský navazující magisterský studijní program s pevným plánem Překladatelství anglického jazyka – Překladatelství německého jazyka.

Pro studenty bakalářského studijního programu Německý jazyk a literatura je určen double degree bakalářský studijní program pro germanistiku.  Jeho absolventi získají na základě úspěšně absolvovaného studia jak na Filozofické fakultě JU, tak i na Filozofické fakultě partnerské univerzity v Pasově dvojí diplom (blíže viz Double degree studium germanistiky). Double degree bakalářský program je studentům nabízen od akademického roku 2023-2024.

Všechny studijní programy nabízejí studentům rovněž četné zahraniční mobility v německy mluvících zemích i jinde (programy ERASMUS+, Sprach- und Sommerkurse, DAAD-Studienstipendien). Jejich cílem je umožnit studentům zvýšit jazykové a komunikační dovednosti, potvrdit interkulturní kompetence, prakticky aplikovat teoretické poznatky získané během studia a prohloubit osobní přeshraniční kontakty.