Ústav archivnictví a pomocných věd historických vznikl k 1. dubnu 2006. Bakalářské studium oboru Archivnictví začalo již v roce 2003, takže v roce 2023 oslavil ústav 20 let existence tohoto oboru na JU. K výročí byla připravena výstava.

Je vědecko-pedagogickým pracovištěm, které zajišťuje vzdělání v tříletém bakalářském studijním programu Archivnictví, jehož absolventi mohou dále pokračovat v navazujícím dvouletém magisterském studijním programu, po jeho dokončení lze absolvovat i rigorózní řízení. Od roku 2012 ústav nabízí také doktorské studium oboru Pomocné vědy historické. Studijní program Archivnictví je možno volit i v kombinaci s různými jinými programy (tzv. maior a minor studium). Studium probíhá ve spolupráci se Státním oblastním archivem v Třeboni a Státním okresním archivem v Českých Budějovicích a poskytuje hluboký vhled nejen do široké problematiky samotného archivnictví, ale i tzv. pomocných věd historických, dějin správy a historie obecně, čímž vytváří všestranné předpoklady pro její zvládnutí a následně široké uplatnění nejen v archivech, spisovnách, státní správě a samosprávě, ale i v dalších příbuzných institucích (muzea, knihovny především s historickými fondy, ústavy památkové péče, antikvariáty, apod.). Ústav spolupracuje s různými domácími i zahraničními archivními a historickými pracovišti, od roku 2012 je členem prestižní mezinárodní organizace ICARUS (International Centre for Archival Research). Pracovníci ústavu se vědecky zaměřují především na dějiny raného novověku a novověku, a to zvláště problematiku kulturních a náboženských dějin, pomocné vědy historické, dějiny správy, ego-dokumenty či ediční zpřístupňování historických pramenů.