Filozofická fakulta Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích byla zřízena k 1. lednu 2006. Jejím krystalizačním jádrem se stal Historický ústav JU, který existoval od roku 2003 jako samostatné vědecké a pedagogické pracoviště v rámci univerzity. K němu se v první fázi přičlenila část Katedry bohemistiky Pedagogické fakulty JU. Na nově zřízenou fakultu byly převedeny akreditace všech studijních oborů Historického ústavu JU a neučitelských studijních oborů, jejichž studenty připravovala Katedra bohemistiky PF JU.

Součástmi fakulty jsou Archeologický ústav, Historický ústav, Ústav archivnictví a pomocných věd historických, Ústav bohemistiky, Ústav věd o umění a kultuřeÚstav romanistiky, Ústav česko-německých areálových studií a germanistiky a Ústav anglistiky.

Filozofická fakulta Jihočeské univerzity nabízí vzdělání v historických a filologických oborech a v oborech estetika a dějiny umění, a to v bakalářském, magisterském a doktorském stupni. Vysoká úroveň vzdělání je garantovaná kvalitním badatelským zázemím a rozsáhlou publikační činností vyučujících.

Na fakultě existují dva excelentní vědecké týmy zaměřující se na dějiny novější české literatury v nadnárodních kontextech a dějiny společnosti českých zemí v raném novověku. Pracovníci Filozofické fakulty JU pravidelně publikují své studie v prestižních domácích i zahraničních časopisech a sbornících a jsou autory řady monografií. Historický ústav FF JU vydává vlastní ediční řady Opera historica, Monographia historica a Prameny k českým dějinám v 16. - 18. století.

Bohaté vědecké a pedagogické kontakty orientované především na středoevropský prostor, ale i na Francii, Itálii či USA, umožňují nemalému počtu studentů absolvovat část studia v zahraničí.